Es gibt zwei Arten von Transparenz, standard und alpha. Standard heißt, dass ein Pixel entweder vollständig transparent ist, oder gar nicht. Beim Importieren kann man AGS mitteilen, welcher RGB-Wert transparent sein soll, i.d.R. nimmt man eine der vier Ecken, z.B. bei Charakter-Sprites. Für den Taschenlampen-Effekt brauchst Du aber ein schwarzes Rechteck mit transparentem Loch, d.h. Du musst mit der gleichen Farbe, mit der das Loch gezeichnet ist, einen Rand hinzufügen, z.B. oben oder links, und dann top-left-corner auswählen.
Die zweite Möglichkeit, alpha, bedeutet, dass jeder Pixel einen Transparenzwert von 0-255 zusätzlich zu den drei Farbkanälen hat, den sogenannten Alphakanal. Damit kann man weiche Übergänge von transparent zu undurchsichtig erzeugen, was ja gerade bei Lichteffekten vorteilhaft ist. Dazu muss das Spiel aber auf 32bit Farbtiefe eingestellt sein. Entsprechende Sprites kann man z.B. mit Photoshop erzeugen, indem man auf ein Layer malt (nicht die Hintergrundebene), also so, dass man das übliche Schachbrettmuster im Loch hat. Wenn man das als PNG abspeichert und in AGS importiert, erkennt es den Alpha-Channel.
Die Index-0-Methode bezieht sich auf 256-Farben-Spiele, die damit automatisch eine feste Palette haben. Die allererste Farbe (also Index 0) wird dabei als transparent genommen. Deswegen die Meldung, da das eben nicht mit 16 oder 32bit Farbtiefe, also hi-color geht.